Ο (Α.Γ.Ο.Ρ) ιδρύθηκε το 1965 από τους αείμνηστους, Καθηγητή φυσικής Αγωγής, Γιάννη Χαλκιαδάκη και τον Αντώνη Βιστάκη . που ήταν και ο πρώτος Πρόεδρος του συλλόγου.

Το τμήμα καλαθοσφαίρισης ιδρύθηκε το 1986 από τον Καθηγητή Φυσικής Αγωγής και Προπονητή Μπάσκετ Τάσο Τριαντάφυλλο με τη συνεργασία του τότε Προέδρου Νικολάου Νίνου Πολιτικού Μηχανικού και Αντιδημάρχου και του Φυσικοθεραπευτή Σταύρου . Λαγουδάκη.

Το Ρέθυμνο Α.Γ.Ο. μετά τη θητεία στη Β΄ και Α΄ Ε.ΚΑ.Σ.Κ. ανέβηκε την περίοδο 1999-2000 στην Γ΄εθνική κατηγορία.

Την περίοδο 2000-2001 πήρε την 6η θέση στο πρωτάθλημα Γ΄Εθνικής, το 2001-2002 την 3ή θέση, το 2002-2003 την 4η θέση.

Τότε το Δ.Σ., με βάση την εμπειρία που απέκτησε αυτά τα τρία χρόνια η ομάδα στη Γ΄Εθνική, έβαλε σαν στόχο την άνοδό της στη Β΄Εθνική Κατηγορία. Έτσι οι προσπάθειες για την καλύτερη οργάνωση της ομάδας άρχισαν αμέσως με την εύρεση ικανού προπονητή που θα την οδηγήσει στην νέα περίοδο.

Προπονητής ορίστηκε ο Στέργιος Κουφός και αμέσως άρχισε να κτίζεται σε έμψυχο δυναμικό ο νέος Α.Γ.Ο.Ρ.
Το αποτέλεσμα ήταν εντυπωσιακό και ξεπέρασε και τις πιο αισιόδοξες προβλέψεις.

Το Ρέθυμνο Α.Γ.Ο. με δύο ήττες στο τέλος της σαιζόν στέφθηκε πανηγυρικά πρωταθλητής και ανέβηκε σην Β΄Εθνική κατηγορία .
Και εκεί η συνέχεια ήταν ανάλογη αφού μ’ έναν παρατεταμένο φίνις η ομάδα μας με χαρακτηριστική άνεση τερμάτισε 1η και μπήκε πρωταθλήτρια στα σαλόνια του επαγγελματικού Μπάσκετ .
Στην Α2 τώρα , πάντα με τον Στέργιο Κουφό τιμονιέρη, την πρώτη χρονιά η ομάδα τερμάτισε 2 η και έχασε την άνοδο σε μια περίπτωση ισοβαθμίας .

Συνεχίζει όμως να πρωταγωνιστεί στο Ελληνικό μπάσκετ και με τη σκληρή δουλειά ήρθε και η μεγάλη επιτυχία .

Ο Α.Γ.Ο.Ρ. με μια καταπληκτική πορεία στο Κύπελλο Ελλάδος , αποκλείοντας μεγάλες ομάδες όπως ο Π.Α.Ο.Κ. , ο Πανιώνιος , το Σπόρτινγκ και στο τέλος με μια καταπληκτική εμφάνιση νίκησε τον Κολοσσό της Ρόδου και προκρίθηκε στον μεγάλο Τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας στο μπάσκετ όπου αντιμετώπισε στις 25 του Μάρτη τον Πρωταθλητή Ελλάδος ΠΑΝΑΘΗΝΑΪΚΟ.

Πρόκειται για τη μεγαλύτερη αθλητική διάκριση του Ρεθύμνου και ίσως όλης της Κρήτης σε συλλογικό επίπεδο . Μια επιτυχία που ήρθε μετά από πολύ δουλειά και προσήλωση σε αρχές και αξίες που μόνο μέσα από τον αθλητισμό γνωρίζει κανείς.

Η ομάδα μας με τη σημαντική συμμετοχή της όχι μόνο στα αθλητικά δρώμενα της πόλης μας αλλά και σε όλο το κοινωνικό γίγνεσθαι, μέσα από πολιτιστικές εκδηλώσεις (εκθέσεις ζωγραφικής -φωτογραφίας) και φιλανθρωπικούς εράνους για τις ευαίσθητες κοινωνικά ομάδες, προσπαθεί να προσφέρει πολύπλευρα στην κοινωνία και στον κόσμο που την στήριξε και την στηρίζει και είναι πάντα το μεγάλο όπλο της.

Οι φίλοι μας είναι αυτοί που έχουν ένα μεγάλο μερίδιο από αυτή την επιτυχία.

Στο γήπεδο σαν φίλαθλοι, στην διοίκηση σαν υποστηρικτές και χορηγοί. Σήμερα ο Ρέθυμνο Aegean χαίρει εκτίμησης και σεβασμού από το σύνολο του αθλητικού κόσμου και είναι πρότυπο αγωνιστικής και διοικητικής παρουσίας. Η ιστορική αυτή επιτυχία μας ανήκει σε όλους. Και ανεβάζει τον πήχη πιο ψηλά κάνοντας την επόμενη μέρα ακόμη πιο σημαντική και δύσκολη. Για μιά ομάδα καμάρι μιας πόλης και της ευρύτερης περιοχής, ολόκληρης της Κρήτης.

Μια ομάδα σύγχρονη, επαγγελματική, με πρότυπο τρόπο οργάνωσης και διοίκησης, που θα προσφέρει υψηλό θέαμα και ψυχαγωγία σε γήπεδα γεμάτα κόσμο, σε αγώνες γιορτή και διαφήμιση του μπάσκετ .

Για μια ομάδα που έχει μόνο φίλους και θέλει να κάνει περισσότερους.